A Praia do Tombo pode ser a primeira praia do litoral de São Paulo com o selo Bandeira Azul. Isto significa o reconhecimento internacional de que o local está comprometido com a sustentabilidade. O material que argumenta a defesa da praia para obter o selo foi entregue a Marinez Scherer, presidente do Instituto Ambiental Ratones, para que seja estudada a viabilidade se conceder o título.

Guarujá tem se preocupado com as questões ambientais. Já foram instaladas duchas ecológicas nas praias. Este equipamento, criado pelo engenheiro Armando Fantini está à disposição dos banhistas (há51 espalhados pelas praias). O equipamento funciona por meio de um filtro de areia e um dosador de cloro. Basta enterrá-lo na areia para receber uma ducha com dois litros de água, com 95% a menos de salinidade. Isto reduz em 80% o custo da água potável para banho.

O turismo sustentável é o grande foco da cidade com o trabalho que vem sendo desenvolvido pela ONG Instituto Litoral Verde, que pretende disponibilizar para a população o Parque Ecológico da Serra do Guararu na Estrada Guarujá-Bertioga. Neste projeto serão implantados equipamentos como tirolesa, caminhada nas alturas, observatório de pássaros, rapel, entre outros.